Menjadi Universitas Rujukan Pengembangan IPTEKS Berwawasan Kepulauan yang Berbasis Nilai-Nilai Ke-Islaman Serta Bereputasi Internasional
Untuk mewujudkan visinya, UMMU menetapkan misi sebagai berikut:
Menyelenggarakan dan mengembangkan pendidikan serta pengajaran unggul dalam bidang IPTEKS, dengan berwawasan kepulauan dan berlandaskan nilai-nilai ke-Islaman.
Menciptakan dan mengembangkan pengetahuan, teknologi, seni, budaya, dan peradaban yang relevan dengan kepulauan, melalui penelitian dan pembelajaran yang bermutu.
Menyelenggarakan program pengabdian kepada masyarakat berbasis riset dan nilai-nilai Islam, dengan berorientasi pada kemaslahatan umat.
Membangun kerjasama dengan berbagai institusi dalam maupun luar negeri guna memperkuat kapasitas kelembagaan, SDM, serta menghasilkan kontribusi keilmuan yang berdaya saing global.
UMMU menetapkan beberapa tujuan strategis, yaitu:
Mewujudkan budaya akademik unggul melalui pendidikan, penelitian, dan pengabdian yang berwawasan kepulauan.
Menghasilkan lulusan yang kompeten, berintegritas, serta mampu berkontribusi di bidang ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni.
Menghasilkan serta menyebarluaskan karya-karya IPTEKS yang relevan dengan kebutuhan masyarakat dan bernuansa Islami.
Menjalin kerjasama kelembagaan, penguatan SDM, dan penyediaan sarana prasarana yang efektif untuk mencapai reputasi internasional, khususnya di kawasan Asia Tenggara.